不動産を売却すると、売却価格そのものがそのまま手元に残るわけではありません。仲介手数料や諸費用に加えて、最も大きな負担となる可能性があるのが「税金」です。特に譲渡所得税や住民税は金額が大きくなりやすいため、正しい知識を持って計画的に対応することが重要です。
この記事では、不動産売却時に発生する税金の種類、計算方法、節税特例、納税の流れまでを分かりやすく解説します。新潟市で売却を検討している方にも役立つ内容となっていますので、ぜひ参考にしてください。
目次
1. 不動産売却でかかる主な税金
1-1. 譲渡所得税
不動産を売却して利益（譲渡益）が出た場合に課税されるのが譲渡所得税です。給与所得などとは分けて計算される「分離課税」で、所得税・住民税・復興特別所得税が合わせて課されます。詳しい計算方法や税率については後述します。
1-2. 印紙税
不動産の売買契約書を作成する際には「印紙税」がかかります。これは契約書という“課税文書”に課される税金で、国に納めるものです。契約金額に応じて金額が決まっており、契約書に収入印紙を貼り付けて消印することで納付します。
例えば、売買金額が1,000万円を超え5,000万円以下の場合は本則税率で2万円ですが、令和6年3月31日までの軽減措置により1万円に引き下げられています。さらに、5,000万円超～1億円以下であれば本則6万円、軽減3万円となります。
印紙税は契約書1通ごとに必要であり、売主と買主がそれぞれ原本を保有する場合は、双方が各自の契約書に印紙を貼る必要があります。電子契約を利用する場合は印紙税がかからないというメリットもあり、近年はコスト削減の観点から電子契約を導入するケースも増えています。
| 契約金額（売買金額） | 本則税率 | 軽減税率 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1万円未満 | 非課税 | 非課税 | 印紙不要 |
| 1万円以上 ～ 100万円以下 | 200円 | 200円 | |
| 100万円超 ～ 500万円以下 | 1,000円 | 500円 | |
| 500万円超 ～ 1,000万円以下 | 10,000円 | 5,000円 | 住宅購入で多い価格帯 |
| 1,000万円超 ～ 5,000万円以下 | 20,000円 | 10,000円 | 戸建・マンション売買で多い |
| 5,000万円超 ～ 1億円以下 | 60,000円 | 30,000円 | |
| 1億円超 ～ 5億円以下 | 100,000円 | 60,000円 |
※ 本則税率＝軽減措置がなかった場合の本来の額。
※ 軽減税率＝令和6年3月31日までの特例措置による額。
※ 最新の税額・軽減期間は必ず 国税庁HP をご確認ください。
1-3. 登録免許税
「登録免許税」とは、不動産の権利を登記簿に記録する際に課される税金です。売却時には所有権移転登記や、住宅ローンを完済して抵当権を抹消する際に発生します。
売主が主に負担するのは抵当権抹消登記の登録免許税で、不動産1筆につき1,000円です。仮に土地1筆＋建物1棟を売却する場合は2,000円が課税額となります。金額は大きくありませんが、登記手続きを行う司法書士への報酬（数万円程度）が別途かかるため、実務的には司法書士費用とセットで考える必要があります。
また買主側では所有権移転登記の登録免許税が必要となり、課税標準額（固定資産税評価額）×2％が原則です。ただし住宅用の軽減税率（令和6年3月31日まで1.5％）などが設けられているため、実際にはやや軽減された金額になるケースが多くなります。
つまり、売主は「抵当権抹消登記の登録免許税＋司法書士費用」、買主は「所有権移転登記の登録免許税＋司法書士費用」がかかる、というのが実務上の基本的な整理です。
2. 譲渡所得の計算方法
2-1. 計算式の基本
譲渡所得は以下の式で算出されます。
譲渡価格 −（取得費＋譲渡費用）＝ 譲渡所得
2-2. 取得費と譲渡費用の具体例
- 取得費：購入代金、購入時の仲介手数料、登記費用、建物の改良費など。ただし建物は減価償却を考慮。
- 譲渡費用：仲介手数料、測量費、契約書の印紙代、立退料、建物取壊し費用など。
もし取得費が不明、または取得費が譲渡価格の5％未満の場合は、収入金額の5％を「概算取得費」として扱うことが可能です。
2-3. シミュレーション例
例えば、2,000万円で購入した家を3,000万円で売却したケースを考えます。購入時の諸費用が200万円、売却時の仲介手数料などが100万円だった場合、
3,000万円 −（2,000万円＋200万円＋100万円）＝ 700万円
この700万円が譲渡所得となり、ここに税率がかかります。長期譲渡なら約20.315％でおよそ140万円、短期譲渡なら約39.63％でおよそ270万円の税負担となります。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 計算式 | 譲渡価格 −（取得費＋譲渡費用）＝ 譲渡所得 ※ 取得費が不明・実額が譲渡価格の5％未満の場合は、概算取得費＝譲渡価格の5％を利用可。 ※ 建物の取得費は減価償却後の金額で計算。 |
| 取得費 | 不動産を購入したときにかかった費用。 購入代金 購入時の仲介手数料 登記費用・登録免許税 不動産取得税 増改築・改良費 など |
| 譲渡費用 | 売却のために直接かかった費用。 仲介手数料 測量費・境界確定費用 契約書の印紙税 立退料 建物取壊し費用 など |
| シミュレーション | 売却価格 3,000万円 −（取得費 2,200万円 ＋ 譲渡費用 100万円） ＝ 譲渡所得 700万円 |
| 長期譲渡所得 | 所有期間5年超の場合。 税率：20.315％ （所得税15％＋復興特別所得税で実効15.315％＋住民税5％） 税額目安：700万円 × 20.315％ ＝ 約142万円 |
| 短期譲渡所得 | 所有期間5年以下の場合。 税率：39.63％ （所得税30％＋復興特別所得税で実効30.63％＋住民税9％） 税額目安：700万円 × 39.63％ ＝ 約277万円 |
| 主な特例 | 居住用財産の3,000万円特別控除（譲渡所得から控除） 10年超所有の軽減税率（居住用） 相続関連（取得費加算、空き家3,000万円控除） ※ 3,000万円控除と買換え特例は併用不可／3,000万円控除と10年超軽減は併用可 |
3. 税率と所有期間の関係
3-1. 短期譲渡所得（5年以下）
売却した年の1月1日時点で所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡」となり、課税率は所得税30％＋復興特別所得税（2.1％加算で実効30.63％）＋住民税9％＝39.63％となります。税率が非常に高いため、売却時期は慎重に判断しましょう。
3-2. 長期譲渡所得（5年超）
所有期間が5年を超えていれば「長期譲渡」となり、所得税15％＋復興特別所得税（実効15.315％）＋住民税5％＝20.315％と大幅に軽減されます。売却時期を調整するだけで、税額が大きく変わるケースも少なくありません。
| 税目 | 概要 | 税率・金額の目安 | 発生タイミング | ポイント |
|---|---|---|---|---|
| 譲渡所得税（分離課税） | 売却で利益（譲渡所得）が出たときに課税。 所得税＋復興特別所得税＋個人住民税の合計。 | 長期（所有5年超）：20.315％ 短期（所有5年以下）：39.63％ ※復興特別所得税は「所得税額×2.1％」を加算 | 売却翌年の確定申告・納付 | 3,000万円控除・10年超軽減税率など特例で大幅軽減可 |
| 住民税（譲渡） | 譲渡所得に対する住民税。合計税率の内訳として計算。 | 長期：5％／短期：9％ | 確定申告後に賦課 | 居住地の条例に従う |
| 印紙税 | 売買契約書に貼付する税（課税文書）。契約金額に応じ定額。 | 例）～1,000万円：5,000円 ～5,000万円：10,000円 ～1億円：30,000円 | 契約締結時（契約書作成時） | 電子契約は別ルールのことあり |
| 登録免許税 | 登記手続に課される税。売却時は抵当権抹消等で発生。 | 抵当権抹消：1,000円／1筆（目安）ほか | 決済・引渡し時の登記手続で | 司法書士報酬は別途・物件数で変動 |
4. 節税につながる特例制度
4-1. 居住用財産の3,000万円特別控除
自宅として使っていた不動産を売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例があります。この制度を活用すれば、利益が出ていても課税額がゼロになるケースもあります。適用期限は住まなくなってから3年を経過する日の属する年の12月31日までです。
4-2. 10年以上所有の軽減税率
10年以上所有していた居住用不動産を売却する場合は、さらに税率が軽減されます。
- 譲渡所得6,000万円以下の部分：所得税10％（復興特別所得税で実効10.21％）＋住民税4％＝14.21％
- 6,000万円を超える部分：所得税15％（復興特別所得税で実効15.315％）＋住民税5％＝20.315％
この特例は3,000万円特別控除と併用可能であり、節税効果が非常に大きい制度です。
4-3. 相続や空き家に関する特例
相続した不動産を売却する場合は「取得費加算の特例」により、相続税を取得費に加算することができます。また、相続した空き家を売却する場合には「被相続人居住用財産の3,000万円控除」を利用できるケースもあります。
- 相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること
- 譲渡価額が1億円以下であること
- 相続人が3人以上の場合は控除額が2,000万円に制限されるケースあり
新潟市のように空き家問題が多い地域では、これらの特例が有効活用されています。
5. 納税と確定申告の流れ
5-1. 確定申告が必要なケース
不動産売却で譲渡所得が発生した場合、原則として確定申告が必要です。売却益がゼロまたはマイナスの場合でも、控除や特例を受けるために申告しておくと有利になることがあります。なお、損失が出た場合でも、適用要件を満たせば「居住用財産の譲渡損失の繰越控除」などの特例が利用できます。
5-2. 申告のタイミングと方法
確定申告は原則として、売却した翌年の2月16日から3月15日までに行います（年度により若干前後する場合があります）。現在はe-Taxを利用してスマホから手続きすることも可能になっており、利便性が高まっています。
6. 新潟市での不動産売却と税金事情
新潟市では転勤や相続に伴う売却、また子育て世帯の住み替えによる売却が多い傾向にあります。特に西区や青山エリアでは、利便性の高さから相場が比較的安定しているため、利益が出やすいケースも少なくありません。その結果、税金が発生する割合も高くなる傾向にあります。
地域の相場を理解した上で、税金対策も含めた売却戦略を立てることが、手取り額を最大化するポイントです。
７. よくある質問（FAQ）
Q1. 損をした場合でも申告は必要ですか？
原則として譲渡損失は他の所得と損益通算できません。ただし「居住用財産の譲渡損失」に関する特例を満たす場合は、損益通算や繰越控除が可能です。条件を満たすかどうかを必ず確認しましょう。
Q2. 複数の特例は同時に使えますか？
3,000万円特別控除と買換え特例は併用できませんが、3,000万円特別控除と10年以上所有の軽減税率は併用可能です。なお、複数の特例を同一年に利用する場合、控除額の合計は原則5,000万円が限度となります。
Q3. 税金対策は不動産会社に相談できますか？
不動産会社は売却に関する税制の知識を持っていますが、税額の確定は税理士の専門分野です。NKpropertyでは提携する税理士事務所と連携し、査定から売却、確定申告のサポートまでワンストップでご相談いただけます。
8. まとめ｜専門家と連携して税負担を最小限に
不動産売却時にかかる税金は、所有期間や控除の有無によって大きく変わります。事前に仕組みを理解し、節税特例を活用することで、手取り額を最大化することができます。
ただし、税金の制度は複雑であり、個々のケースで適用可否が異なります。新潟市で不動産の売却を検討している方は、地域事情に詳しい不動産会社や税理士と連携し、安心して進めていきましょう。
9. NKpropertyへお気軽にご相談ください
NKpropertyでは、地域密着の不動産会社として培った売却ノウハウに加え、提携税理士事務所と協力しながらお客様一人ひとりに最適な売却プランをご提案しています。不動産の査定から契約、税金申告のサポートまでワンストップで安心してお任せいただけます。
📞 電話で相談する 025−231−9987
10. 関連記事のご紹介
こちらの記事もあわせてご覧いただくと、不動産売却の全体像やコスト、地域特有の事情についてより深く理解していただけます。